Водные ресурсы города Шардара складываются из поверхностных вод Шардаринского водохранилища, созданного на стоке реки Сырдарья, подземных вод аллювиальных отложений левобережья реки Сырдарья и подземных вод отложений верхнего мола. Шардаринское водохранилище многолетнего регулирования, полезной емкостью 4,7 млрд. м3 используется для разнообразных нужд народного хозяйства – энергетических (Шардаринская ГЭС), ирригационных, технических и хозпитьевых вод.
Водоснабжение города осуществляется по раздельной схеме. Канализование города осуществляется по двум параллельным системам западной и восточной. От западной части стоки поступают на сооружения механической и искусственной биологической очистки и затем сбрасываются в реку Сырдарья, ниже города. Стоки от восточной части города отводятся в протоку реки Сырдарья без очистки.
